मठाधीश एवं नेतृत्व
ज़ोंगकर छोएदे का आध्यात्मिक नेतृत्व मठाधीश के पास है, जिन्हें तिब्बती में खेनपो कहा जाता है। मठाधीश विहार के धार्मिक जीवन का मार्गदर्शन करते हैं: उसका अध्ययन कार्यक्रम, उसका अनुष्ठान-पंचांग, भिक्षुओं की उपसंपदा और प्रशिक्षण, तथा विहार की परंपरा और रीतियों का संरक्षण।
ज़ोंगकर छोएदे के वर्तमान मठाधीश खेनपो थुबतेन त्सेरिंग हैं। विहार उन मठाधीशों का भी सम्मान करता है जो उनसे पूर्व हुए: खेनपो जम्पा सोपा रिनपोछे, भूतपूर्व मठाधीश जम्पा कलसंग रिनपोछे, और स्वर्गीय भूतपूर्व खेनरिनपोछे पूज्य थुपतेन त्सोंदू, जिन्होंने विहार को उसकी लुप्ति के बीच पुनःस्थापना से होकर आगे बढ़ाया।
खेनपो थुबतेन त्सेरिंग — वर्तमान मठाधीश

खेनपो थुबतेन त्सेरिंग ज़ोंगकर छोएदे के वर्तमान मठाधीश हैं, और विहार तथा उसके 300 से अधिक भिक्षुओं के समुदाय का आध्यात्मिक नेतृत्व सँभाले हुए हैं।
उनके जीवन, उपसंपदा और विहार में किए गए कार्य का विस्तृत विवरण तैयार किया जा रहा है और शीघ्र जोड़ा जाएगा।
भूतपूर्व मठाधीश जम्पा सोपा रिनपोछे

खेनपो जम्पा सोपा रिनपोछे तिब्बती चंद्र पंचांग के राजकीय वर्ष 2140 के आठवें मास के दूसरे दिन ज़ोंगकर छोएदे के मठाधीश के रूप में पीठासीन हुए, जो 6 अक्टूबर 2013 के अनुरूप है।
उनका जन्म 1962 में धर्मशाला में हुआ और पंद्रह वर्ष की आयु में उन्हें विहार में प्रवेश मिला। उन्होंने 1982 में परम पावन लिंग रिनपोछे से श्रामणेर उपसंपदा, और 1985 में परम पावन दलाई लामा से भिक्षु (पूर्ण) उपसंपदा ग्रहण की।
विहार में उन्होंने सात वर्ष पाठ-प्रमुख के रूप में सेवा की, और 2003 में वे अनुष्ठान-आचार्य (लोपोन) नियुक्त हुए। 2004 से 2013 तक उन्होंने नेपाल के क्यिदोंग थुकछोए भिक्षुणी-विहार के मठाधीश के रूप में सेवा की, जहाँ उन्होंने प्रशासनिक सुधार का एक कार्यक्रम पूरा किया।
उनका अध्यापन बौद्ध दर्शन, तांत्रिक कलाओं और बालू-मंडल की रचना तक फैला है — वे परंपराएँ जिनका आगे वर्णन बौद्ध शिक्षा और अनुष्ठान के स्तंभ के अंतर्गत है। उन्होंने यूरोप, अमेरिका, कनाडा और जापान में अंतरराष्ट्रीय स्तर पर अध्यापन किया है।
विहार के प्रति उनका सहयोग आध्यात्मिक के साथ-साथ व्यावहारिक भी रहा है: उनके एक दान से उस समय शिक्षकों का वेतन चुकाया गया जब विद्यालय के पास उसके लिए और कोई साधन नहीं था।
भूतपूर्व मठाधीश जम्पा कलसंग रिनपोछे

भूतपूर्व मठाधीश जम्पा कलसंग रिनपोछे सात वर्ष की आयु में विहार में आए और बाईस वर्ष तक अध्ययन किया।
उन्होंने विहार की अनेक वरिष्ठ भूमिकाओं में सेवा की: तेरह वर्ष पाठ-प्रमुख के रूप में, तीन वर्ष अनुशासन-आचार्य के रूप में, और चार वर्ष आचार्य (लोपोन) के रूप में। उन्होंने तीन वर्ष, तीन मास और तीन दिन का यमांतक एकांतवास पूरा किया।
परम पावन दलाई लामा ने उन्हें 2005 में मठाधीश नियुक्त किया और उन्होंने 3 दिसंबर 2005 को पद की शपथ ली।
भूतपूर्व खेनरिनपोछे पूज्य थुपतेन त्सोंदू

भूतपूर्व खेनरिनपोछे पूज्य थुपतेन त्सोंदू पंद्रह वर्ष की आयु में भिक्षु बने और 1959 के चीनी आक्रमण के बाद तिब्बत से निकल आए।
1972 में, परम पावन दलाई लामा के कृपापूर्ण मार्गदर्शन से, उन्होंने दक्षिण भारत के हुनसूर में लुप्ति के बीच ज़ोंगकर छोएदे की पुनःस्थापना में सहायता की। वह पुनर्निर्माण — मिट्टी की दीवारों और बाँस के छप्परों से एक कार्यशील विहार तक — विहार के इतिहास में वर्णित है।
इसके पश्चात उन्होंने एक नए मंदिर के निर्माण के लिए विदेशों में धन-संग्रह के प्रयासों का नेतृत्व किया, जो 2004 के अंत में पूर्ण हुआ और परम पावन दलाई लामा द्वारा उद्घाटित हुआ।
आज का नेतृत्व एवं प्रशासन
यह समुदाय एक पारदर्शी व्यवस्था के अंतर्गत चलता है, जो सत्ता चलाने के बजाय साधना को आधार देने के लिए बनी है। आध्यात्मिक नेतृत्व मठाधीश के मार्गदर्शन में रहता है, जबकि दैनिक अनुशासन, समन्वय और सामुदायिक संगठन अनुशासन-प्रमुख (गेगु या गेगेउ) तथा विहार के सामान्य मंडल द्वारा नियुक्त एक प्रशासनिक समिति देखती है।
यह ढाँचा दैनिक व्यवहार में कैसे काम करता है, इसका वर्णन साथ जीवन के अंतर्गत है, और स्वयं प्रशासनिक निकायों का प्रशासन के अंतर्गत।
यह पृष्ठ मशीन द्वारा तैयार प्रारूप है, जो विहार की समीक्षा की प्रतीक्षा में है।